山本 哲也

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山本 哲也
特任准教授
Co-PI （ルビンスタイングループ）
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連絡先

tyamamoto atmark icredd.hokudai.ac.jp

マイケル・ルビンスタイン グループ
主任研究者
教員
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    山本 哲也
博士研究員

研究紹介

研究テーマ

遺伝子制御の物理

キーワード

遺伝子制御、転写、相分離、DNA(クロマチン)、界面、細胞分化・初期化
研究概要

多細胞生物は様々な種類の細胞から構成されていますが、それぞれの細胞は同じDNAを持っています。それぞれの細胞の「個性」は、どの遺伝子が活性で、どの遺伝子が不活性であるかということによります。我々は、遺伝子表現のダイナミクスがDNA（クロマチン）、RNA、タンパク質の構造やダイナミクスにどのように制御されているかということを理論的手法で研究しています。また、複製、分裂、スプライシングの物理にも研究を展開していきたいと考えています。ICReDDでは、本研究を推進しつつ、合成系に応用していきたいと考えています。

代表的な研究成果

  • Elasticity control of entangled chromosomes: Crosstalk between condensin complexes and nucleosomes
    T. Yamamoto, K. Kinoshita, T. Hirano, Biophysical Journal, 2023, 122, 19, 3869-3881
    DOI: 10.1016/j.bpj.2023.08.006
  • Polymeric Nature of Tandemly Repeated Genes Enhances Assembly of Constitutive Heterochromatin in Fission Yeast
    T. Yamamoto, T. Asanuma, Y. Murakami, Communications Biology, 2023, 6, Article number: 796
    DOI: 10.1038/s42003-023-05154-w
  • Slow chromatin dynamics enhances promoter accessibility to transcriptional condensates
    Tetsuya Yamamoto, Takahiro Sakaue, Helmut Schiessel, Nucleic Acids Research, 2021, 49,  5017-5027
  • Paraspeckles are constructed as block copolymer micelles
    Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Yamamoto, Hyura Yoshino, Sylvie Souquere, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose, EMBO J, 2021, e107270
  • Phase separation driven by production of architectural RNA transcripts
    Tetsuya Yamamoto, Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose, Soft Matter, 2020, 16, 4692-4698
  • Osmotic mechanism of the loop extrusion process
    Tetsuya Yamamoto, Helmut Schiessel, PHYSICAL REVIEW E, 2017, 96, 030402(R)
    DOI: 10.1103/PhysRevE.96.030402
  • Transcription rates in DNA brushes
    Tetsuya Yamamoto, S. A. Safran, Soft Matter, 2015, 11, 3017-3021
    DOI: 10.1039/C4SM02871F

関連する研究記事

業績一覧

2025年

  • Biophysical Aspect of Assembly and Regulation of Nuclear Bodies Scaffolded by Architectural RNA
    T. Yamamoto, T. Yamazaki, K. Ninomiya, S. Nakagawa, T. Hirose, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2025, 437(9), 169016
    DOI: 10.1016/j.jmb.2025.169016

2024年

  • Dissolution-Limited Reactions in Solid-State Synthesis
    T. Yamamoto, K. Kubota, H. Ito, NIHON REOROJI GAKKAISHI, 2024, 52(2), 161-170
    DOI: 10.1678/rheology.52.161

2023年

  • Nascent Ribosomal RNA Act as Surfactant that Suppresses Growth of Fibrillar Centers in Nucleolus
    Yamamoto, T., Yamazaki, T., Ninomiya, K., Hirose, T., Communications Biology, 2023, 6, 1129
    DOI: 10.1038/s42003-023-05519-1
  • Elasticity control of entangled chromosomes: Crosstalk between condensin complexes and nucleosomes
    T. Yamamoto, K. Kinoshita, T. Hirano, Biophysical Journal, 2023, 122, 19, 3869-3881
    DOI: 10.1016/j.bpj.2023.08.006
  • Polymeric Nature of Tandemly Repeated Genes Enhances Assembly of Constitutive Heterochromatin in Fission Yeast
    T. Yamamoto, T. Asanuma, Y. Murakami, Communications Biology, 2023, 6, Article number: 796
    DOI: 10.1038/s42003-023-05154-w
  • Polymer Brush Inspired by Ribosomal RNA Transcription
    T. Yamamoto, W. Li, European Physical Journal E, 2023, 46, 61
    DOI: 10.1140/epje/s10189-023-00323-5

2022年

  • Triblock Copolymer Micelle Model of Spherical Paraspeckles
    T. Yamamoto, T. Yamazaki, T. Hirose, Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, 9,
    DOI: 10.3389/fmolb.2022.925058
  • Micellization: A New Principle in the Formation of Biomolecular Condensates
    T. Yamazaki, T. Yamamoto, T. Hirose, Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, 9,
    DOI: 10.3389/fmolb.2022.974772
  • Loop Extrusion Driven Volume Phase Transition of Entangled Chromosomes
    T. Yamamoto, H. Schiessel, Biophysical Journal, 2022, 121, 2742-2750
    DOI: 10.1016/j.bpj.2022.06.014
  • Scaling Theory of Swelling and Deswelling of Polymer Networks
    T. Yamamoto, J. A. Campbell, S. Panyukov, M. Rubinstein, Macromolecules, 2022, 55, 3588-3601
    DOI: 10.1021/acs.macromol.1c02553

2021年

  • Slow Chromatin Dynamics Enhances Promoter Accessibility to Transcriptional Condensates
    T. Yamamoto, T. Sakaue, H. Schiessel, Nucleic Acids Research, 2021, 49, 5017-5027
    DOI: 10.1093/nar/gkab275
  • Paraspeckles Are Constructed as Block Copolymer Micelles
    T. Yamazaki, T. Yamamoto, H. Yoshino, S. Souquere, S. Nakagawa, G. Pierron, T. Hirose, Embo Journal, 2021, , 19
    DOI: 10.15252/embj.2020107270

2020年

  • Fracture Strain of Composite with Nonuniformly Distributed Reinforcing Fibers
    T. Yamamoto, Y. Masubuchi, M. Doi, Journal of Rheology, 2020, 64, 933-939
    DOI: 10.1122/8.0000046
  • Phase Separation Driven by Production of Architectural RNA Transcripts
    T. Yamamoto, T. Yamazaki, T. Hirose, Soft Matter, 2020, 16, 4692-4698
    DOI: 10.1039/c9sm02458a